左旋白法螺
这支左旋的洁白法螺不仅仅是孜珠寺的珍宝，经书记载：昔日辛绕如来为了把因缘成熟的阿弥佛陀的佛法传到西藏,来到了本日神山降魔，众魔用尽手段却屡战屡败，绝望之际不免伤心落泪，佛祖见此情景悲心大恸，当即拔下自己一颗牙齿，化作洁白无瑕的左旋海螺，吹出一阵无比纯净温暖的法音，顿时，众魔止啼为笑，他们原本坚硬邪恶的心一刹那变得柔软而虔诚。众魔跪倒在地，祈求皈依佛祖，发誓永远护持佛法。所以这支法螺代表着佛的声音，是本教至宝。后来这只法螺就被埋在了本日神山，直到占巴南喀大师住世修法时重新开启。公元八世纪赤松德赞灭本，法螺被伏藏在南方的牛形岩石下。数百年后，它被辛赛.郭叠帕巴发现，并辗转来到了孜珠山。后来由于各种因缘，海螺又曾离开孜珠山。将近100年前，法螺又来到孜珠山，恰逢孜珠山的另一件珍宝——无量光佛金像也回到了神山。辛绕如来曾在孜珠山留下预言：当后世无量光佛像、左旋白法螺（圣尊以自己的牙齿所化）与具格的贤者在孜珠山三宝汇聚之时，孜珠山的佛法火种将大放光芒，照亮世界。文革期间，海螺又曾失去，而文革之后，神奇的因缘又使它从青海回归了孜珠山，预示着孜珠山必然要使佛祖的预言变成现实。
无量光佛
无量光佛镏金佛像是孜珠寺主要镇寺之宝。它由本教圣尊辛饶如来亲自开光，在孜珠寺创立之初，约3000年前就来到了孜珠山。从初祖穆邦萨东大师起，这尊佛像大都留在孜珠活佛的身边，随活佛各地传法，代表辛饶如来当下予以加持。无量光佛也叫阿弥陀佛、无量寿佛，是西方极乐世界的教主，接引愿者往生，慈悲无比。圣尊辛饶如来就是无量光佛的化身。本教佛法蒙难时期，此佛像流落民间。遇到灾荒，收藏佛像的人家不得已只得用佛像换粮求生，佛像以其精美绝伦迅速为他们换来了食物，一家人因此得救；之后，下一个收藏者再用佛像换粮，又使自己免于饿死。于是佛像走过了一家又一家，在灾荒年里挽救了无数人的生命。辛饶如来曾在孜珠山留下预言：当后世无量光佛像、左旋白法螺（圣尊以自己的牙齿所化）与具格的贤者在孜珠山三宝汇聚之时，孜珠山佛法的火种将大放光芒，照亮世界。
龙王运来的法器
桑杰林巴大师曾被邀请去嘉绒传法，当地诸位土司在大师返藏时供养了许多法器，其中有明朝宣德皇帝御制的稀世大钹和许多其他法器。返藏途中，大师发现由于物品太重，驴背被磨出了血，大师心生慈悲，命人把法器统统扔进江里。随从大惑不解，心里直叫“可惜”。回到孜珠山后，一日，桑杰林巴大师对僧众说，泉眼里有东西在闪光。在大师住所不远处有一泉眼，看似很浅，但无论怎样汲水也不会干涸。而当时泉水里确有东西在闪光，大家仔细一看，竟然是那些被丢入江中的法器，正一件一件的从水下冒上来。原来桑杰林巴大师心痛驴背被磨破，于是请龙界帮助，用水把大量法器“运”上了山。
握石舍利
孜珠寺供奉着两个特别的舍利，是两块明显被手攥握得如同刀柄形状的石头。它们分别是孜珠寺600年前的罗丹宁布活佛和300年前的桑吉林巴大师留下的法身舍利。罗丹宁布活佛是600年前复兴本教的伟大上师，他的功绩非常多，例如为后世留下《祖师辛饶十二功绩》以及大批“耳传”经卷，复兴了孜珠寺和众多丁青的本教寺庙。这块法身舍利，是罗丹宁布大师祈召天龙八部护佑孜珠寺复兴时，为了表明誓愿而捏成的。“文革”时红卫兵将舍利的来历斥为迷信，认为是用泥巴伪造的，还用刀砍来证实。结果刀刃都毁了，舍利却只伤了一点点。红卫兵这才知道圣物不可冒犯。300年前的桑吉林巴活佛也是本教世上著名的伏藏大师。他使孜珠寺得到空前发展，复兴了丁青以外的一大批本教寺庙。他还云游到汉地，曾得到康熙皇帝的礼敬。他所留下的法身舍利与罗丹宁布大师的一样，为了表明誓愿。有缘得到法身舍利的灌顶加持，如同得到了大师直接的祝福和加持。
才旺仁增大师的脚印
孜珠神山有一座形如利剑的山峰叫“智慧剑”，是六般若中的智慧的象征。“智慧剑”上有处著名的圣迹，是本教大成就者才旺仁增大师在岩石上留下的脚印。两千多年前，本教佛法极为重要的伟大上师真巴南嘎大师，把无漏佛法完整地传给自己的两位法子：才旺仁增大师和家喻户晓的莲花生大师，令他们教化接引一切有情众生。为使各界众生均享佛法的慈悲，占巴大师把在人界弘法的责任交给莲师，在它界弘法的责任交给了才旺大师，因此才旺仁增大师也被后人称为无形上师。由于当时真巴南嘎大师与二法子均在孜珠山修法，因此各自都在孜珠山留下了圣迹作为祝福和加持：占巴大师在密修宝座上留下自显的雍仲卍字，莲师留下了闭关的岩洞，才旺大师则留下这个足印，加持众生消除障碍，获得智慧。圣迹在经历了两千多个风霜雨雪的年头之后，轮廓不免稍稍模糊了一些，但见过它的人都会在自己心里留下一个深刻印记。
自语观音像
三百年前的孜珠活佛桑杰林巴大师，是本教历史上重要伏藏大师和成就者，住世传法时即享有盛名。嘉绒土司请示康熙皇上批准，迎请桑杰林巴大师到嘉绒讲经传法。大师赴嘉绒前，空行对大师说：贤者此行如能遇到一件圣物并带回孜珠山，将对度化众生有极大的好处。桑杰林巴大师到达嘉绒后，把本波佛法传给了嘉绒信众，剃度三十多位誓愿专修的信众出家，使本波佛法在嘉绒得到极大弘扬，直至今日依然法教兴旺。大师在嘉绒的弘法成果卓著，而空行提到的圣物却一直没有遇到。大师将要离开的时候，嘉绒信众纷纷奉献供养。第一件供养是一尊观音像，大师手捧观音像对其顶礼时，观音像忽然开口说：“圣者不必忧虑，度化众生的事交给我”。于是这尊自语观音随大师回到了孜珠寺，加持每一位有缘来到孜珠山的众生；特别当去世的人们被跋涉送上孜珠山天葬台时，自语观音一定会出现在逝者的身旁，加持他/她免入恶趣；孜珠山作为观音道场的慈悲力量由此展现。自语观音的全名叫作“自语圣者我去，救恶趣之众像”。
生身舍利，顶骨
孜珠寺自创建以来出现了数以百计的大成就者，他们在孜珠神山觉悟了缘起性空，证得了虹化之身。为实现自觉觉他的大乘誓愿，普渡众生，大成就者们留下不同形式的舍利以启发世人对无常的觉悟，对解脱的信心。“舍利”一词的发音来自印度，本意是“身骨”，通常指佛陀和高僧们灭度荼毗后出现结晶体。它是戒定慧修行成就的结晶，说明修行者已经修得成果的见证。佛门弟子见舍利如见佛菩萨，升起企慕追随之心，坚定修行的信念；尤其来自高僧大德生身的灵骨舍利，更具有不可思议的加持力量。
这颗舍利来自孜珠寺第一世活佛穆邦萨东大师。他是本教佛法“译师传承”系统中八大成就者之一，在三千年前创建了孜珠寺。他留下的经卷和讲修系统令孜珠寺成为本波佛教最重要的修行和传法中心。
这粒舍利来自三百年前的孜珠活佛桑杰林巴大师。他是一位著名的伏藏大师，开启了许多法难时期伏藏的重要经典和法器。同时他也是使本波佛法极大弘扬的高僧，他恢复了西藏许多本教寺庙，把本波佛法带到了嘉绒和汉地。
这是桑杰林巴大师的顶骨舍利，在灵骨上显现出藏文字母“啊”字，这在西藏佛教中代表着空性，所以这块顶骨反映了桑杰林巴大师证得空性的大成就。
天铁佛像
天铁是西藏古代流传下来一种奇异的金属，密度很大，极其稀少，在西藏它是无比珍贵的护身符。孜珠寺供奉的天铁佛像更为奇特，因为据说佛像是自然形成而非人工刻画出来的，所以就更加神奇而珍贵，传说中它甚至能保佑持有者“刀枪不入”。无论如何，这尊佛像由于其来自远古，是稀有金属，并且自然形成，因而珍贵无比，一直被孜珠寺奉为至宝。
铃铛
阿字普贤王如来像
慈母像
佛陀报身初转法轮像
佛陀像
金刚手菩萨
莲师像
骑狮护法与莲师像
无量光佛
消业佛
辛绕佛陀报身像
意身舍利
释加牟尼佛陀舍利塔
才旺仁增大师像
国师印
穆邦萨东大师的银马鞍
