​

1、 扎仓学校

扎仓的意思是“僧院”，藏传佛教寺院里僧众学习的学校被统称为扎仓。孜珠寺针对丁青地区老百姓生活清苦，教育落后的状况，把佛法专修系统中初级的文化和宗教课程集中到一个独立的教学机构，称作扎仓学校；中高级课程另设内明学校传授。僧众在扎仓学校的学期取决于僧人的文化基础。通常学期需要2到6年。现任扎仓堪布是嘎松丹增。

2、 内明学校

孜珠寺内明学校向具备初级知识的学僧讲授本教中高级课程，除了佛学之外，历史、星相、地理、哲学、诗学、医学也是学习内容的组成部分，这种结构全面的系统帮助专修者建立更加全面扎实的认知基础，便于在本教甚深佛法的研习中取得更好的成果。内明学校的学习过程通常为四年或更长。现任内明堪布是罗布雍仲。

3、 辩论学校

藏传佛教的一大特色就是辩论，也叫辩经。辨经是通过逻辑辩论，从佛学概念的每个方面仔细而反复地拷问，从而促使僧人对所学的每一个概念都纯熟、精确、全面而不偏颇。辩论学校的学习是一个漫长艰苦的过程，而且每天都要面对压力，也在压力中获得增长。这个学习过程一般要经历20年，需要极大的毅力才能坚持下来。现任辩论堪布是丹巴。

4、 禅修学校

禅修学校是通过禅坐观修，把之前所学所思“修”出来，使之逐渐融入自己的生活，变成自己的必然组成部分。禅修是佛法修行最为深奥的部分，尤其孜珠寺修行的大圆满传承，普通人难以理解和想象。禅修是没有止境的，它修行者终生的功课，它的目标是证得涅?空性。现任禅修堪布是索南晋美。

‍‍‍‍